La rivista ACS Nano, fiore all’occhiello dell’American Chemical Society con fattore di impatto 14.588 (superiore a quello di Nature Communications, 12.121), ha appena pubblicato il contributo nel campo di ricerca COVID-19 da parte del gruppo MolBNL dell’Ateneo giuliano, dal titolo Computational Alanine Scanning and Structural Analysis of the SARS-CoV-2 Spike Protein/Angiotensin-Converting Enzyme 2 Complex.
Il gruppo del Molecular Biology and Nanotechnology Laboratory (MolBNL@UniTS), operativo presso il DIA e che ha prodotto i risultati oggetto della pubblicazione, è composto dai ricercatori Erik Laurini, Domenico Marson, Suzana Aulic, Maurizio Fermeglia e Sabrina Pricl.
“Questa ricerca aveva per obiettivo lo studio dell’interazione tra la proteina con cui il SARS-CoV-2 (ovvero il virus che causa COVID-19) interagisce con il suo recettore umano (il gene enzima 2 convertitore dell'angiotensina o ACE2)”, spiega la Prof.ssa Pricl, responsabile scientifico di MolBNL@UniTs, “in modo da individuare quali sono i residui di entrambe le proteine (umana e virale) che giocano un ruolo chiave nel riconoscimento uomo/virus e, quindi, nella infezione”.
I risultati ottenuti dal gruppo MolBNL@UniTS dimostrano chiaramente che questi residui chiave esistono, sia sulla proteina umana che su quella virale, e costituiscono dei veri hot spots nella determinazione della affinità del virus per la specie umana. Inoltre, i dati prodotti possono essere usati – oltre che per la progettazione di vaccini e anticorpi contro SARS-CoV-2 – per la previsione dell’effetto sia di eventuali varianti di ACE2 trovate in pazienti COVID-19 che delle mutazioni della proteina virale attese dalla dinamica della replicazione del virus. Questo ultimo aspetto è stato particolarmente apprezzato dai revisori internazionali anonimi, e il gruppo sta già preparando il lavoro successivo focalizzato appunto su quest’ultimo, cruciale aspetto.
“Per affrontare questo studio”, prosegue il Dott. Marson “ci siamo avvalsi di complesse simulazioni al calcolatore. Il ricorso all’uso dei supercalcolatori ha permesso di ottenere i risultati in tempi rapidi, compatibili con le aspettative delle ricerche riguardanti questa terribile pandemia”.
“Non solo”, aggiunge il Prof. Laurini, “ma va notato come, in tempi di pieno lockdown, questa importante ricerca si sia potuta svolgere a dispetto della completa inaccessibilità dei laboratori, essendo basata su supercalcolatori raggiungibili in ogni istante e da qualunque parte del mondo. Questa incredibile opportunità, unita alla più che ventennale esperienza del gruppo nel campo dello studio, simulazione e caratterizzazione di proteine alla base di importanti patologie umane, ha portato a questo ottimo risultato”.
Computational Alanine Scanning and Structural Analysis of the SARS-CoV-2 Spike Protein/Angiotensin-Converting Enzyme 2 Complex
Erik Laurini, Domenico Marson, Suzana Aulic, Maurizio Fermeglia, and Sabrina Pricl
Molecular Biology and Nanotechnology Laboratory (MolBNL@UniTS), DEA, University of Trieste, 34127 Trieste, Italy
ACS Nano, 2020 asap article, Publication Date: August 24, 2020
https://doi.org/10.1021/acsnano.0c04674
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acsnano.0c04674
